总公司撤销分公司流程是股东会召开决议，对分公司的账务进行核查，向登记机关申请分公司注销登记，总公司撤销分公司赔偿员工的标准是按照劳动者的工作年限支付补偿金。
一、总公司撤销分公司流程
总公司撤销分公司流程：
1.股东会决议解散分公司；
2.对分公司进行查账；
3.向该分公司的公司登记机关申请注销登记。
《公司登记管理条例》第四十九条规定，分公司被公司撤销、依法责令关闭、吊销营业执照的，公司应当自决定作出之日起30日内向该分公司的公司登记机关申请注销登记。申请注销登记应当提交公司法定代表人签署的注销登记申请书和分公司的《营业执照》。公司登记机关准予注销登记后，应当收缴分公司的《营业执照》。
二、总公司撤销分公司怎么赔偿员工
总公司撤销分公司赔偿员工的标准按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
《中华人民共和国劳动合同法》第44条第5项、第46条规定：用人单位被吊销营业执照、责令关闭、撤销或者用人单位决定提前解散的，应当向劳动者支付经济补偿。
三、分公司不配合注销怎么办
可以去工商局说明情况，直接撤销该分公司。但因分公司是没有法人资格的，所以以分公司名义做出的经营后果总公司都需负责。公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
《中华人民共和国公司法》第十四条公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。